管理体制：制定并执行《中心章程》。根据中心章程建立理事会和学术委员会，采用理事会、中心主任和研究组三级管理模式。中心理事会由中国科学院代表、国家有关部门代表、科学家代表、依托单位代表和中心主任组成。中心学术委员会由现代化理论、经济学、社会学、管理学、发展战略、公共政策、自然科学和高技术领域等的专家组成。其职责是为中心科研方向和研究组的设立等提供咨询意见。依托单位（中国科学院文献情报中心）代管中心的人事、财务、资产等，并派代表进入中心理事会。
运行机制：采用理事会领导下的主任负责制。理事会是中心的领导和决策机构，负责重大事项的决策。主任负责日常管理，组织协调重大活动。中心理事会理事和主任由中国科学院聘任。理事和主任一般任期四年，可以连任。实行“小实体、大网络”的开放运行模式。加强与政府、大学、企业和地方的合作，加强国际学术交流与合作。实行研究组责任制、定期同行评议制度、学术年会和学术论坛制度等。
现代化中心将根据中国科学院知识创新工程的有关规定，在国内外公开招聘学术带头人和科研人员，聘请客座研究员和接受优秀访问学者，培养博士和硕士研究生。中心的流动人员超过岗位聘任人员。中心围绕“中国现代化基础理论和发展战略”开展8个领域的研究，每个研究领域拟设1～2个研究组；按照“成熟一个，组建一个”的原则，每年组建2个左右研究组。四年后对研究组进行评价和调整。
中国科学院中国现代化研究中心
2002年8月20日